Dalam pemberian tunjangan jabatan struktural bagi PNS, dasar hukum yang digunakan adalah :
- Pasal 3 ayat (1) PP No. 13 Tahun 2002 tanggal 17 April 2002 mengenai perubahan atas PP Nomor 100 Tahun 2000 tentang pengangkatan pegawai negeri sipil dalam jabatan struktural
- Perpres No. 26 Tahun 2007 mengenai Tunjangan Jabatan Struktural
- Peraturan Kepala Badan Kepegawaian Negara No. 31 Tahun 2007 mengenai Tata Cara Permintaan, Pemberian, dan Penghentian Tunjangan Jabatan Struktural.
Ada beberapa ketentuan dalam pemberian tunjangan jabatan struktural yaitu :
1. Nominal tunjangan jabatan struktural diklasifikasikan berdasarkan tingkat eselon jabatan sesuai Peraturan Pemerintah, yang terbaru diatur dalam PP No. 26 Tahun 2007 tentang Tunjangan Jabatan Struktural;
2. Tunjangan jabatan struktural sekaligus menentukan perpanjangan batas usia pensiun bagi pegawai bersangkutan (eselon I dan II hingga umur 60 tahun, khusus jabatan eselon I tertentu bisa diperpanjang hingga usia 62 tahun).
3. Tunjangan jabatan struktural diberikan di bulan berikutnya sesudah tanggal pelantikan. Jika pelantikan dilakukan di tanggal 1 bulan berkenaan atau tanggal berikutnya jika tanggal 1 kebetulan di hari libur tentu tunjangan jabatan struktural diberikan di bulan berkenaan.
4. Pemberian tunjangan jabatan struktural di-nonaktifkan dihitung dari bulan berikutnya semenjak PNS bersangkutan: tak memegang jabatan struktural; diberhentikan sementara;
Dikenai hukuman disiplin berbentuk pembebasan dari jabatan berdasarkan PP Nomor 30 Tahun 1980; sedang cuti di luar tanggungan negara (selain cuti di luar tanggungan negara sebab melahirkan); dikenai hukuman penjara atau kurungan sesuai putusan pengadilan yang sudah berkekuatan hukum tetap; dibebaskan dari tugas jabatannya dalam waktu lebih dari 6 bulan; misalnya : seorang PNS diberikan tugas menempuh pendidikan program magister dalam dua tahun dihitung dari 1 September 2007 sehingga dari Oktober 2007 pembayaran tunjangan jabatan struktural di-nonaktifkan; tengah menjalani cuti besar.
5. Tunjangan jabatan struktural untuk PNS yang diangkat dan dilantik dalam jabatan struktural di luar satuan unit penggajiannya, untuk itu yang bertugas mengajukan permintaan tunjangan jabatan struktural yaitu satuan kerja unit penggajian instansi dimana PNS bersangkutan menempati jabatan struktural. Misalnya : seorang PNS Badan Kepegawaian Negara ditugaskan di Kementerian Dalam Negeri diangkat dan dilantik untuk menduduki jabatan Kepala Biro Kepegawaian (eselon II/a). Karena itu gaji PNS bersangkutan dibayarkan BKN, sementara tunjangan jabatan struktural dibayarkan Kementerian Dalam Negeri.
Tunjangan Jabatan struktural yang diterima oleh PNS yang mengepalai sebuah kesatuan organisasi atau memimpin sebuah kesatuan kerja besarannya adalah : Eselon 4A sebesar Rp.540.000, Eselon 3B sebesar Rp.980.000, Eselon 3A sebesar Rp.1.260.000 dan Eselon 2B sebesar Rp.2.025.000, Eselon 2A sebesar Rp.3.250.000, Eselon 1B sebesar Rp.4.375.000, dan Eselon 1 A sebesar Rp.5.500.000.